En toda su red de enseñanza y programas socio educativos, la LBV aplica una pedagogía propia, desarrollada por el educador y Presidente de la Institución, José de Paiva Netto. Se trata de un modelo de enseñanza en el cual el cerebro y el corazón trabajan juntos.
En todas las unidades educativas, los alumnos de la LBV son considerados en su dimensión biopsicosocial y espiritual, tomando en cuenta sus registro de experiencias pasadas, que contribuyen al proceso de aprendizaje.
Esta propuesta pedagógica se adapta y varía según las edades de los educandos, siendo denominada Pedagogía del Afecto, para niños/as de hasta diez años, y a partir de los 11 años, Pedagogía del Ciudadano Ecuménico.